С утра сайты восстановил. Снова обнаружил следы взлома на одном из. Пофиксил. Ну и для пущей безопасности, под руководством дипсика начал копать дальше - обновлять компоненты. И, предсказуемо, при пакетном обновлении компонентов конфиги одного из них были перезаписаны новыми. Чистыми. 

И все упало. Попытки разобраться, что где и как, при полном отсутствии понимания, как и следовало, ни к чему не привели. Рекомендации Дипсика только усугубляли ситуацию, поскольку нестандартные конфигурации сервера ему непонятны. А тут NGinx + апач, + FastCGI и виртуалки - в общем в какой-то момент одно  действие по рекомендации ИИ ломало сразу два правила. 

Пришлось звать на помощь специально обученного человека.