Само приложение Tweaker - уже лежит в папке Fallout 4/Data. Имейте в виду INI файлы лежат не в Моих Документах, а в папке MO2/Profiles/имя профиля (по умолчанию Default).

Лично я какими-то твиками пользуюсь, какими-то не пользуюсь. Используйте на свой страх и риск. Оставлю включенными комментарии что бы вы делились между собой что стоит использовать, а что не стоит.