В целом, если не городить огород, то есть причины можно разделить на внутренние и внешние.

Внутренние причины, почему сценарий плох.

1) Писал плохой сценарист - думаю, тут все понятно. Шансы, что плохой сценарист напишет хороший сценарий крайне низки. Хотя и выше нуля.

2) Сценарист не справился - т.е. сценарист-то хороший, но это не его жанр, или он не правильно понял задачу, или он, параллельно, писал еще для двух-трех проектов. Или, банально, не получилось. Так бывает. А рядом не оказалось никого кто указал бы на ошибки.

Кстати, оба эти варианта похожи.

Далее - причина внешняя.

1) Постоянное переобувание продюсера - сначала сценарист пишет боевик, потом детектив, потом жанр уезжает в драму, под конец выясняется, что нужна ТЖД для России-2. В таких условиях написать хороший сценарий нереально. К сожалению, данная ситуация происходит часто - продюсер просто не знает и не понимает что он хочет получить. И, главное, не уверен, что понимает для какого канала. Писал для НТВ, написала для Россия ).

2. Продюсер четко понимает, что хочет, но сформулировать не может. Но у него есть видение и он идет к нему. Никакие возражения сценариста в расчет не принимаются, сценарист, по сути, просто секретарша, записывающая великие мысли продюсера. Здесь не важно хороший сценарист или не очень, здесь все зависит от продюсера. Если он гений, то сценарий будет хорош. Но, поскольку говорим мы больше о наших реалиях, то получим мы непонятно что. Без мотивации, логики и героев, но с кучей эффектных кадров, которые приснились продюсеру и ради которых он все и делал.

3. Проект угробили на продакшене - сценарий заслуживал Оскара, но на проекте решили сэкономить. Наняли режиссера из самых дешевых. Режиссер решил, что его задача - переписать сценарий, потому что он недооцененный гений, а сценаристом может быть каждый. На главные роли взяли актеров второго плана - они дешевле. Правда текст абсолютно не держат, да и играют на уровне табуретки. Оператор вчера закончил институт, но камеру держать умеет. Да, и вырезали из боевика все экшен сцены - денег нет. 

Есть еще всякие частные случаи, но, большая часть сводится к следующим пунктам:

1) Перед продюсером не стоит задача снять хороший фильм/сериал. Он просто должен сделать проект в срок и дешево. И заработать. Поэтому ему не нужен хороший сценарист. Ему нужен дешевый, но который сделает работу в срок и внесет все правки.

2) Продюсер хочет дорого и хорошо, но только так, как он придумал. А придумал он так, что дорого можно. А хорошо - нет. И возражения не принимаются.

3) Продюсер хочет хорошо. Но разбирается не очень. Поэтому плохой сценарист на его проект берется не в целях экономии - просто его посоветовали. Плохой сценарист пишет плохой сценарий, но продюсер этого не понимает. Ну и поехало....

4) Просто не получилось. Так бывает.

Здесь хочется добавить, что варианты когда продюсер сам не знает чего хочет и когда результат его не сильно заботит, поскольку задача другая - распилить бабло, встречаются чаще всего. И, между прочим, во втором варианте все будут демонстрировать бурную деятельность и мозг вам вынесут правками, как будето пишете для Спилберга. 

Это, разумеется, не всё, но основные причины обозначены.

Вариант, что сценарий хороший, просто мы этого не понимаем и упускаем сознательно. Хотя, Голливуд намекает, что случай далеко не редкий.

Удачи!