Главный герой - Ито Сатору, обычный парень из 21 века, который перерождается в мире Наруто. Когда он в 5 лет поступает в академию шиноби, его жизнь меняется, так как он получает [Систему]. [Система] дает ему возможность видеть ошибки в мире Наруто.

Суть [Системы] заключается в том, что в каждом мире совершаются ошибки, и мир Наруто не исключение. Поэтому Сатору должен устранять эти ошибки, и за это он будет получать награды. Чем сложнее решение ошибки, тем более ценное вознаграждение он получает.