Честно признаться я не сторонник универсальный алгоритмов и немного скептически отношусь к коду, который выглядит как вызов одного метода, который делает все.

К чему я это :)
Когда я работаю с автомаппером, я четко понимаю, что он автоматизируем все просто преобразования типов. Фактически это только те ситуации, когда есть два класса с разных слоев, которые выглядят похоже, имеют схожие свойства. В таких случаях я люблю использовать маппинги.

Бывают ситуации когда классы выглядят вполне похоже, но наименование свойств сильно отличается, да и структура классов тоже не совсем одинакова. В таком случае я предпочитаю ручной маппинг. Так как конфигурация автомаппера в таком случае будет выглядеть как неподдерживаемый, плохо читаемый ручной маппинг. Если у вас есть необходимость порождать какой то сложный класс на основе другого, то тут я рекомендую обратить внимание на порождающие паттерны.

Используете ли вы автомаппер в своих проектах?

Как вы маппите сложные объекты? :)